Du fait de l’artificialisation du territoire et de l’urbanisation, les milieux naturels sont confrontés à une réduction de leur surface favorisant leur morcellement ainsi qu’une fragmentation de l’aire vitale des espèces. Les conséquences sur la biodiversité sont multiples et participent à son érosion : interruption des continuités écologiques, fragilisation des populations, mortalité, perte d’habitat, dysfonctionnement des écosystèmes.

L’introduction de produits chimiques, de matière organique et d’agents pathogènes dans l’air, l’eau et les sols est susceptibles d’affecter significativement le fonctionnement des écosystèmes ainsi que les espèces présentes.
Plusieurs types de pollutions sont considérées telles que les pollutions d’origine agricole, industrielles ou encore urbaines.

Une exploitation des ressources qui se traduit par un prélèvement supérieur à la capacité de renouvellement, contribue à fragiliser le fonctionnement des milieux naturels et leur aptitude à faire preuve de résilience.

La présence d’espèces exotiques envahissantes constitue une menace pour la biodiversité. Leur prolifération peut provoquer des changements significatifs de la structure et du fonctionnement des milieux et avoir des conséquences écologiques, économiques et sanitaires négatives.